בתי חולים מסוג ב'
בתי חולים בבעלי עמותות (כגון קופות חולים ועמותות אחרות מסוג "שערי צדק") נהנים בשיעור 66% בארנונה. לעומת זאת, בתי חולים בבעלות המדינה יקבלו לרוב 55% הנחה בלבד. המשמעות היא שהממשלתיים משלמים ארנונה גבוהה ב-11% מהארנונה המוטלת על בתי חולים בבעלות עמותות. נזכור שבין בתי החולים של המדינה יש קטנים, למשל בתי חולים פסיכיאטריים, אך גם עצומים כדוגמת ביה"ח "שיבא", המשתרע על 800 דונם ויש בו 400 אלף מטר רבועים בנויים.
בבתי חולים הממוקמים ב"יישובי עולים", יש מצב קיצוני. "יישובי עולים" הם 40 רשויות מקומיות שבהן המדינה משלמת ארנונה בשיעור 1100%. הערים צפת, נהריה ובאר יעקב למשל, מוגדרות כ"יישובי עולים". בערים אלו המדינה תשלם 100% ארנונה גם על בתי החולים שבבעלותה, בלי כל הנחה. אם בתי חולים כאלו יופעלו באמצעות עמותות, במקום ע"י המדינה, יקבלו 66% הנחה.
באשדוד מופעל מערך חדר מיון קדמי באמצעות עמותה, ועל פי התכנון בשנת 2017 ייחנך בית חולים. בית חולים זה לא יופעל ע"י המדינה, כך שלפחות בהיבט הארנונה המדינה חסכה כסף רב בכך שהעבירה אותו לניהול אחר.נציין שיש בארץ מוסדות המכונים בתי חולים, שאינם זוכים להנחה כלשהי, היות ואין להם חדר מיון. תופעה זו קיימת בעיקר בבתי חולים סיעודיים ובתי חולים פסיכיאטריים. מוסדות אלו, אף אם ינוהלו בידי עמותות לא יזכו בהנחה בארנונה, אדרבא – במקרים מסוג זה בעלות המדינה עליהם תקנה הנחה בשיעור 55% מהארנונה הנקובה בצו.